L’obiettivo principale del progetto di vaccinazioni di AMREF - presente dal 1998 in Nord Uganda - è il miglioramento delle condizioni sanitarie e della riduzione della mortalità infantile nei distretti di Gulu, Kitgum e Pader, attraverso la riattivazione, il supporto e il rafforzamento del programma governativo di vaccinazione (UNEPI – Uganda National Expanded Programme of Immunization) che prevede di immunizzare i minori di 5 anni contro le sei malattie più diffuse (tubercolosi, difterite, pertosse, tetano, poliomielite, epatite B e Haemophilus Infuenzae B) e lo sviluppo di risorse umane attraverso attività di formazione tecnica.
La vaccinazione è ritenuta, in campo sanitario, un intervento cost-effective che contribuisce in un periodo di tempo relativamente breve al miglioramento degli indicatori delle condizioni generali di salute.  
Il programma di vaccinazione infantile riconosciuto internazionalmente prevede il seguente calendario di somministrazione:

 ETA' VACCINI 
 Nascita/14 giorni dalla nascita BCG OPV-0
 6 settimane
 DPT - Hep B - Hib 1
 OPV-1
 10 settimane
 DPT - Hep B - Hib2 OPV-2
 14 settimane
 DPT - Hep B - Hib3 OPV-3
 9 mesi
 Morbillo 

BCG – vaccino contro tubercolosi (1 dose) - intracutanea
DPT – Difterite, Pertosse, Tetano (3 dosi) - intramuscolare
OPV – Poliomielite (4 dosi) - orale
Hep B: Epatite B (3 dosi) - intramuscolare
Hib - Haemophilus Influenzae B (3 dosi) - intramuscolare
Morbillo – (1 dose) – subcutanea

Il supporto di AMREF al programma governativo di vaccinazione consente di aumentare la copertura vaccinale, che ancor oggi si attesta su valori estremamente bassi, e di diminuire l’altissimo tasso di mortalità infantile.
Lo sviluppo e la valorizzazione delle risorse umane attraverso attività di formazione tecnica e la valorizzazione delle competenze locali consente di migliorare il servizio sanitario e di raggiungere le aree più neglette, oggi quasi completamente escluse dalle attività di immunizzazione.

Gli obiettivi specifici includono:
Incremento della domanda e della partecipazione comunitaria alle attività di vaccinazione e ai servizi ad essa correlati, attraverso attività di educazione e sensibilizzazione.
Implementazione delle attività di vaccinazione sul campo e miglioramento dei servizi sanitari locali di vaccinazione.
Rafforzamento della capacità distrettuale e delle autorità locali attraverso attività di capacity building.
Miglioramento delle attività di monitoraggio e supervisione delle sessioni di vaccinazione.

La vaccinazione è un’attività universalmente riconosciuta come intervento di prevenzione molto efficace. Infatti, Oltre a prevenire le malattie più diffuse tra i bambini al di sotto dei 5 anni, le vaccinazioni sono anche in grado di fornire un beneficio all’intera popolazione, anche quella non vaccinata, grazie alla diminuzione della circolazione, e quindi la possibilità di infezione, delle malattie infettive.